Η εξέταση συνήθως δεν απαιτεί νοσηλεία, ωστόσο καλό είναι να υπάρχει παρακολούθηση για λίγες ώρες.  Μπορεί να απαιτηθεί μονοήμερη νοσηλεία, σε περίπτωση διενέργειας θεραπευτικών πράξεων. Διενεργείται από κατάλληλα εκπαιδευμένο ιατρό-ενδοσκόπο, κατάλληλα εκπαιδευμένο, με ενδοσκόπιο-γαστροσκόπιο, το οποίο είναι ένας εύκαμπτος σωλήνας, με σύστημα φωτισμού και δυνατότητες στροφικής κίνησης, ελεγχόμενης από το χειριστή.
Είναι σημαντικό ο ασθενής να μην έχει λάβει τροφή για τουλάχιστον 4 ώρες πριν την εξέταση. Πραγματοποιείται  ψεκασμός τοπικού αναισθητικού στο φάρυγγα, καθώς και ενδοφλέβια χορήγηση κατασταλτικής ουσίας (μιδαζολάμη). Αφού ο ασθενής λάβει την κατάλληλη θέση, το άκρο του ενδοσκοπίου, μπαίνει μέσω του στόματος στο φάρυγγα. Καθώς ο ασθενής καταπίνει, το όργανο προωθείται διαδοχικά στον οισοφάγο, στο στομάχι, στο δωδεκαδάκτυλο, υπό άμεση όραση. Εξετάζονται προσεκτικά τα παραπάνω όργανα, τα οποία επιπλέον είναι δυνατόν να φωτογραφηθούν. Επίσης είναι δυνατή η λήψη βιοψίας από ύποπτες περιοχές. Μέσω του ενδοσκοπίου, γίνονται θεραπευτικές πράξεις όταν υπάρχουν οι συγκεκριμένες ενδείξεις, (σκληροθεραπεία κιρσών οισοφάγου, ηλεκτροπηξίας για σταμάτημα αιμορραγίας, διαστολές οισοφάγου).